農藝系創系於1946年，迄今已70多年。我們一直以Feeding the World （餵養全世界）為職志，培育農業與農學具領導力的專家。除了傳承這古老重要的行業與天職，亦開時代風氣之先，積極求新應變。近年來，分子育種、生物技術、生物資訊、生物統計、作物模式 （大數據之探勘）等也開始和傳統農藝結合，產生了相輔相成的新時代農業科技。農藝系的教育方針就在這種時代的變遷裡與時俱進，秉承著專家養成教育之循序步驟，立基傳統，求新求變，用最嚴謹的科學訓練態度，研究及教導最宏觀視野的作物相關科學及科技。
由於全球氣候變遷對糧食的生產與供應造成明顯的威脅，作物科學的研究及發展成為全球關注的焦點，所謂農業4.0 （智能農業）及永續農業的發展蔚為現今重要議題。農藝系在這關鍵的時刻扮演決定性的角色，應發揮最大的影響力，引領新世代的農業發展。本系的總體目標陳述如下:
- 培育作物科學研究及實際應用的人才。
- 確保國人糧食安全及農產需求。
- 致力全球農業環境之永續發展。