基礎研究：
（A）種原歧異度分析與遺傳演化研究 -- （i）臺灣水稻地方種和栽培種的遺傳歧異度分析（預計於10月份投稿）；（ii）高粱種原 (臺灣農學會報 2015）；（iii）臺灣常見高粱屬物種的歧異度（作物、環境與生物資訊 2016）；（iv）小米種原調查（作物、環境與生物資訊 2017） ；（v）水稻紫色莖桿基因的遺傳與演化：經由定位選殖此基因為OsC1， OsC1的地理系統發生與系譜遺傳歧異略微不同（Rice 2016）；（vi） 臺灣芒果種原之遺傳歧異度分析，目前正在執行的科技部臺菲雙邊計畫，以菲律賓重要的水果─芒果為研究材料，因此，我們也著手蒐集散至於臺灣全省土芒果，以及農業試驗所鳳山分所、高雄區農業改良場和臺南區農業改良場的芒果種原進行以SNP分子標誌，瞭解臺灣芒果種原的歧異度，應用於後續探勘重要的基因與育種。
（B）米質的研究--（i）稻米米質數量性狀基因的研究：以重組自交系，找出影響米質之重要基因，並推論在稉稻和秈稻米質的育種應著重不同澱粉合成的基因（Molecular Breeding 2014)；（ii）金黃胚乳基因選殖：經由定位選殖金黃色胚乳臺農76號之突變基因，設計功能性分子標誌，應用分子輔助選育；（iii）巨胚基因ge2基因選殖：誘變育種的巨胚臺農78號，並設計成功能性分子標誌，應用於後續的分子輔助選育；（iv）粉質胚乳基因的選殖：3個臺稉8號粉質胚乳突變品系，經由定位選殖發現為FLO2的單點突變，且不同的突變對偶基因造成不同的直鏈性澱粉含量（Plant Science 2015）；（v）粉質胚乳基因的選殖：新的粉質基因，命名為FLO8，此基因的功能從未探討的一個新議題；（vi）小米的米質研究：執行130個小米種原分析 (臺灣原住民的地方種）之直鏈性澱粉含量和糯性基因基因型的分析關係，更從原住民對於小米的使用和實用文化探討糯性基因型，發現臺灣原住民不同語族偏好性不同，造成糯性基因之地理分布之不均 （PLoS One 2018）; 這100個左右小米種原以黏度特性分析和消化水解效率來分析小米的米質。
（C）開花基因的研究 --（i）青花菜和花椰菜之基因研究：早晚生的研究可縮短青花菜之生育日數，以後選基因法找到三個從未被探討的開花基因，有獨特的新發現，其中一個不需要春化作用調控的開花基因 FLC3（Scientific Report 2018）； （ii） FLC3 基因的功能研究，因為，此FLC3 基因是在適應亞熱帶、熱帶環境的青花菜種原發現獨特的基因，因此，正在執行科技部三年的計畫探討此基因對於開花之影響；（iii）小米開花的基因座研究，目前正在進行科技部的整合型計畫，本子計畫主要的目的是以臺灣小米種原加上國外引種的小米種原，以高通量SNP基因型分析後，以全基因體關連性分析進行小米抽穗期，現階段的結果已經找到幾個顯著的SNP與抽穗期相關，後續除了進行基礎研究外，應用分子標誌輔助育種育成不同成熟期、產量高的小米新品種。
（D）族群基因體研究 –蔓延全球六大洲詹森草是惡名昭彰的雜草，也入侵臺灣，可以在中南部的農田周遭發現。四倍體詹森草（源自於中亞）是兩倍體的栽培種高粱（源自於非洲）和兩倍體的擬高粱（源自於東南亞）的天然雜交子代，我們發現在臺灣的野外，在相同或附近的棲地可以看到其中兩個或三個一起混生，在執行三年的科技部計畫當中，我們也發現另一個雜草是兩倍體的葦狀高粱，除了栽培種高粱的外形像作物外，其他三個外形很像，不容易用判斷，我們也發現「中間形」的植株。我們在臺灣本島和外島蒐集這四個物種，族群數量達100個之上，為了瞭解是否有基因流佈造成基因體的變革而引發後續上的適應環境的優勢，我們將採與族群基因體研究策略來瞭解，後續希望可以提出方針來遏止詹森草的蔓延。